1978 m. pastatyta ir įsteigta Joniškio 3-ioji vidurinė mokykla. 1982–1989 m. įgyvendinamas visuotinis privalomas mokymas. 1990 m. pradėtas profiliuotas mokymas (humanitarinis ir tiksliųjų mokslų, vėliau gamtos profilis). 1992 m. įvestas gamtos mokslų profilis. 1993 m. rugsėjo 1 d. įkurta realinės gimnazijos gamtos mokslų profilio klasė. 1994 m. mokykla pavadinta švietėjo, tautosakininko Mato Slančiausko vardu. 1996 m. birželio mėn. mokyklai suteiktas realinės gimnazijos statusas. Gimnazija yra realinė gamtos mokslų pakraipos, o nuo 1996 m. rudens sudarytos sąlygos pasirinkti mokytis ir ekonominę pakraipą. Nuo 2001/2002 m. m. gimnazijoje įteisinamas antrasis – humanitarinis – profilis. 2011 m. mokykloje nebeformuojamos 11 klasės. 2012 mokykla tapo progimnazija.

Mokyklos direktoriai:

1978 m. Albinas Grybauskas
1982 m. Stanislava Mickevičienė
1989 m. Kęstutis Šutinys
1993 m. Vincentas Rimša
2003 m. Vidmantas Sutnikas
2008 m. Vaclovas Martinaitis
2013 m. Svietlana Plaksij