1978 m. pastatyta ir įsteigta Joniškio 3-ioji vidurinė mokykla. 1982–1989 m. įgyvendinamas visuotinis privalomas mokymas. 1990 m. pradėtas profiliuotas mokymas (humanitarinis ir tiksliųjų mokslų, vėliau gamtos profilis). 1992 m. įvestas gamtos mokslų profilis. 1993 m. rugsėjo 1 d. įkurta realinės gimnazijos gamtos mokslų profilio klasė. 1994 m. mokykla pavadinta švietėjo, tautosakininko Mato Slančiausko vardu. 1996 m. birželio mėn. mokyklai suteiktas realinės gimnazijos statusas. Gimnazija yra realinė gamtos mokslų pakraipos, o nuo 1996 m. rudens sudarytos sąlygos pasirinkti mokytis ir ekonominę pakraipą. Nuo 2001/2002 m. m. gimnazijoje įteisinamas antrasis – humanitarinis – profilis. 2011 m. mokykloje nebeformuojamos 11 klasės. 2012 mokykla tapo progimnazija.